Ambele variante sunt corecte, DAR în contexte diferite.
Întruna se scrie legat când înseamnă “încontinuu”, “neîncetat”. De exemplu: Plouă întruna.
Într-una (ca şi într-o, într-unul, într-un) se scrie cu cratimă pentru că “într-” are sensul de “în”. De exemplu: Într-una din zilele astea se opreşte ploaia.